Отец был пастором, по его желанию сын поступает в Дерптский университет, где изучает богословие. После его окончания уезжает за границу для изучения медицины, там же знакомится с известными врачами того времени А. Скарпи и И. Рустом. В 1809 знакомится с Бетховеном, который прививает Мойеру любовь к музыке на все последующие годы.
В 1812 Мойер руководит хирургическим отделением военных госпиталей, а в 1815 является профессором хирургии.
Его учениками были такие известные люди, как Н.И. Пирогов, Ф.И. Иноземцев и В.И.Даль. В 1817 женится на Марии Протасовой, дочери тульского губернского предводителя дворянства. Не смотря на то, что брак был не равный, многие считают его счастливым. Супруги часто устраивали благотворительные концерты, а на собранные средства строили “Бедный дом” для пожилых людей. Спустя три года после помолвки рождается дочь. К сожалению, ещё через два с половиной года, второй ребёнок рождается мёртвым. При родах умирает и Мария.
И.Ф. Моейр осуществляет задуманный ещё при жизни супруги план и покупает землю в селе Бунино Орловской губернии. Здесь же строит каменный дом, высаживает два фруктовых сада и прекрасный парк. Он проявляет себя хорошим хозяином.
Скончался Иван Филиппович 1 апреля 1858 года в своём доме. За месяц до смерти перешёл из лютеранской веры в православную, в честь чего раздал крестьянам весь хлеб из своих амбаров.